A chakra egyszerűen fogalmazva, egy energia, amit jutsuk használatákor vesz
igénybe a ninja. Ahhoz, hogy ninjutsut, vagy genjutsut használhasson a ninja, kevernie kell a az "alap" chakráját(testi energia) és a lelki energiáját(amit tapasztalatból lehet szerezni), majd különböző kézpecséteket kell formálnia, így aktiválhat különböző jutsukat. Amint aktiválódott, sokféle technikát és fogást használhat a ninja. Chakra nélkül egy Shinobi nem megy semmire.

Chakra típusok

Normál chakra:
Ez a típus az alap formája a chakrának, amit sokszor láthatunk a sorozat alatt. Színe világos kék. Ez a chakra afféle "első szintű" chakra. Használható a legtöbb képességhez, de nagyobb szintű justukhoz már sok szükséges belőle.

Gyógyító chakra:
A gyógyító chakrát az orvos ninja specialisták használják, mint például Tsunade, Sakura, Shizune. A színe világos zöld, bármilyen fizikai sérülést meg tud gyógyítani. Annyit tudunk róla, hogy a gyógyulás folyamatát gyorsítja fel, nem tudjuk, hogy minden shinobi tudja-e használni ezt a fajtát. Ránézésre a használó ebből a chakra típusból a kezükbe fókuszálják a szükséges mennyiséget, majd megérintik a sérült "felületet", ezután a seb láthatóan elkezd begyógyulni.

Kyuubi chakra:
A Kyuubi chakra egy speciális típusa a chakrának, amit csak Naruto képes használni, és persze maga a Kyuubi. Naruto azért tudja, mivel a Kyuubi belé van zárva. Eleinte az érzelmei változásával együtt jött elő belőle, majd Jiraiya megtanítja, hogyan irányítsa. Ennek a "típusnak" vörös a színe, sokkal erősebb a normál chakránál, és nagyon magas szintű jutsukhoz használható.

Átok pecsét chakra:
Ez a chakra csak azok által használható, akik birtokában állnak Orochimaru átok pecsétjének. Ez egy veszélyes típusú chakra. Ha túl sokat használja a tulajdonos, akkor elveszik belőle az "emberiség", és csak egy lesz Orochimaru szolgái közül. A chakra színe sötét lila, és akkor aktiválódik, amikor a tulajdonosnak elfogy a normál chakrája. Később Sasuke és a Hang négyesét is láthatjuk, hogy megtanulta alapból használni. Első szinten különböző jelek jelennek meg a használó testén. Ilyenkor a használóban nagy mennyiségű "gonosz chakra" "folyik" keresztül. Második szinten ismeretlen "szörnnyé" változnak át.

Kapu chakra:
A chakra kapuk kinyitásával a felhasználó felszabadítja a teste korlátait, ilyenkor maga a test és az izmok is nagy nyomás alá vannak téve. Nem elég, hogy a támadás ereje már alapból szinte halálos, még hihetetlen sebességgel is lehet mozogni. Ezt a fajta chakrát Rock Lee és Gai tudja használni a Lotus technikáiknál. Ezt a bonyolult technikát csak Taijutsuban nagyon képzett emberek tudják használni. Gai 8 kaput is ki tud nyitni(maximum), ilyenkor a támadások teljességgel kivédhetetlenné válnak, a célpont halálra van ítélve... a használóval együtt, ugyanis ha valaki kinyitja mind a 8 kaput, azzal a saját életéről is lemond. A chakra színe sötét zöld.